Poco se sabe sobre la vida de este compositor. Desde 1638 fue cura párroco de la iglesia cerca del palacio de los duques de Bragança en Vila Viçosa, y el 15 de agosto de 1640 ofició en el matrimonio de un pariente de los hermanos del compositor João Laurenço Rebelo y Marcos Soares Pereira, que fueron testigos. Bautizado Pedro da Fonseca, empezó a agregar ‘Luzio ' a su nombre en 1638 y lo usó de forma consistente desde 1640, posiblemente en honor de su hermano Bartolomeu da Fonseca Luzio, que murió en 1642.

Según Stevenson, compuso un "Requiem" poli coral para el hermano del Rey, Duarte, y correspondió con el Rey en las técnicas compositivas usadas en esta y otras piezas. En 1663 fue sucedido como mestre de capela por el capellán, João Gomes Vaqueiro.

Cinco músicas de salmo para cuatro voces de Fonseca Luzio tienen lugar de privilegio en un manuscrito copiado por Pedro da Crus en 1735. Una misa, un Magnificat, nueve composiciones de salmo, dos lecciones para Semana Santa y 47 villancicos estaban incluidos en la biblioteca de João IV en Lisboa; ninguna de estas obras sobrevive.